同じ意味とは限りません。「出力ごとに電圧を選べる」「端子が別」という意味で独立出力と書かれていても、出力間の電気的な絶縁まで示すとは限りません。ノイズ対策を重視するなら、メーカー仕様で各出力がアイソレートされていると明記されているか確認します。
表示だけで分からない場合は、説明書のブロック図やメーカーサポートを確認してください。必要な電圧、極性、各出力mAを満たすことは、アイソレートの有無とは別に必要です。
2n3565 コメント
少なくともアイソレートされているとは判断しない方が安全です。端子が分かれていても内部で共通になっている製品があります。ノイズ対策が目的なら、各出力間が電気的に絶縁されているとメーカーが明記した仕様を確認してください。
説明書にアイソレートと書かれていなければ、端子が別でも共有電源と考えた方がよいですか?