2n3565_tokyo 
基準は正確に合わせた開放弦で、12フレットを普段に近い力で押さえた実音と比べれば大丈夫です。12フレットのハーモニクスは開放弦とほぼ同じ基準なので、確認用として使えます。
実音がシャープなら弦長を長くするためサドルをブリッジ側へ、フラットなら弦長を短くするためネック側へ動かします。新しい弦を十分に伸ばし、弦高とネック状態を先に整えてから、少し動かして再チューニングを繰り返してください。
2n3565 コメント
その方法が良いです。強く押し込まず、実際の演奏に近い力で複数回測ると安定します。調整中はサドルを動かすたびに開放弦のチューニングも変わるため、必ず合わせ直してから12フレットを確認してください。
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強く押さえると、それだけでシャープするんですね！ 普段の力で何回か測ってみます。